
L’église d’Authon-du-Perche est l’une des plus anciennes du diocèse, elle date du XIe siècle, mais certains archéologues vont même jusqu’à assigner à certaines de ses parties le Xe siècle et l’époque carolingienne. Cependant, on ignore l’époque précise de sa fondation.
Il s'agissait à l'origine d'un prieuré bénédictin dédié à Saint-Pierre et Saint-André dépendant de l'abbaye de Saint-Calais. L'église à été construite sur les vestige d'un ancien temple païen romain. Elle est toujours dédiée aux deux apôtres, mais seul Saint-André semble resté dans la mémoire collective..
L’église originelle se composait d’une nef de près de dix mètres de large sur le double de long, d’un transept plus étroit et d’une abside semi-circulaire. De toutes petites fenêtres romanes ne laissait entrer que trop peu le jour. Pour remédier à ceci, on eut la malencontreuse idée d’ouvrir une large fenêtre gothique dans le mur méridional de la nef au XIVe siècle dont il reste la trace sur le mur sud bien visible de l’extérieur. Autour du choeur, deux grandes arcades en forme de fer à cheval, s’ouvraient pour l’une sur le transept et l’autre sur l’abside. Des contreforts garnissaient l’édifice, on peut encore les voir sur le mur extérieur de l'abside.

En 1835, le cimetière qui se trouvait autour de l'église fut transféré en sortie du village à son emplacement actuel. En 1855, c'est le presbytère qui fut reconstruit.
L’édifice subissait les dégâts du temps. Dès 1862, l’abbé Eugène Laye voulut qu’on abatte l’édifice pour en reconstruire un nouveau. Mais pourquoi démolir de si vieux mur, qui étaient d’une solidité à toute épreuve ? On choisit donc de restaurer et cette tache incombât à l’abbé Hippolyte Dancret en 1877. L’architecte de la restauration et de l’agrandissement de l’église est Monsieur Cissé, de Saint-André-de-l’Eure. Très vite il ne restait plus de l’édifice que les murs et la charpente. En place du vieux clocher qui tombait en ruine, on installa la tour qu’on connaît actuellement, encadrée d’une nouvelle façade monumentale. Cette tour est décriée par beaucoup mais elle donne tout son cachet à la façade. Le transept s’est vu entourer de deux chapelles, formant ainsi avec le reste de l’église une croix latine. Chacune d’elles possède une abside garnie d’un autel en pierre. Sur le pignon s’ouvre, de chaque coté, une large fenêtre géminée. Les deux arcades ont été considérablement élargies et sont devenues quatre colonnes ornées de figures. De nouvelles fenêtres beaucoup plus larges on été percées.

L’église possède deux cloches. La plus petite des deux se nomme Charlotte. Elle fut baptisée le 15 octobre 1714 ; elle est bien conservée. Elle pèse environ 700 kg. La seconde fut baptisée le 18 novembre 1849, sous le nom de Marie-Adeline. Elle avait été donnée par Louis-René Tollet. Elle pèse près de 1100 kg.
La nef a été entièrement renouvelée dans le style de l’église. Les poutres furent décorées de façon simple. Des grandes fenêtres ont été ajoutées dans les murs principaux, trois de chaque coté. Les amateurs du pur roman les trouveront sans doute trop grande mais elles éclairent bien mieux l’intérieur de l’église et accueille de plus amples vitraux, ce qui ne nuit nullement à la décoration de l’église. Les deux statues que l'on aperçoit de chaque coté de l'arcade sont Saint-André, à gauche, et Saint-Pierre, le premier Pape, à droite. L’abside est la partie la plus intéressante de l’église. Elle était avant séparée du chœur par une grille de fer ouvragé, elle abrite un bel autel de pierre. Sur les quatre colonnes qui délimite le transept on peut voir les quatre êtres du prophète Ezéchiel: l'homme, l'aigle, le lion et le taureau. Dans la nef, contre le mur septentrional, face à la chaire, on remarque un objet n’étant pas du style de l’église. Il s’agit d’un banc seigneurial d’époque Louis XIV, à la grande valeur artistique. Sur le panneau principal, on remarque une cuirasse surmontée d’un bandeau, signe de la dignité baronniale. Le tout est orné de multiples sculptures. Ce fut un don fait par Messire Charles-Nicolas Leclerc de Lesseville, lorsqu’il a acheté la baronnie à la princesse de Conti. La nef abrite aussi une plaque en souvenir des enfants morts pour la France durant la première guerre mondiale. Les vitraux au nombre de vingt trois sont présentés sur une autre page. Ils ont été posés entre 1880 et 1979. Ils sortent de différents ateliers.
La chapelle Sud, dite du Sacré-Cœur, abrite des émaux du XVIIe siècle. Issus des ateliers Laudin de Limoges, ils présentent la naissance du Christ, l’adoration des mages, Saint-Pierre et Saint-Paul. C'est un don fait par un authonnais, le commandant Piegars à sa mort en 1934. On peut admirer une baie représentant le Sacré-Coeur, et aussi une statue en bois de Saint-Christophe, le patron des voyageurs. La chapelle Nord est dédiée à la Vierge. Une verrière présente l'apparition de la vierge à Lourdes en 1858. On peut voir de nombreuses statues et quelques tableaux représentant entre autres Jeanne D'Arc, Notre-Dame de Chartres ou encore Notre-Dame de Montligeon.

A gauche du porche en entrant, on peut admirer deux belles pièces dans la salle des fonts baptismaux. Le baptistère que l’on estime de l’époque romane et surtout une statue : la vierge à l’enfant, parfois appelée Notre-Dame-d’Authon. Cette statue fut découverte au printemps 1974, lors de la réfection d’une partie de la charpente. Elle représente une vierge à l’enfant en bois jadis polychrome (on distingue des traces de bleu sur le voile et de rouge sur la robe). C’est une statue du XVe siècle mais dont on ignore l’origine et la raison de son arrivée dans la charpente au milieu de gravats. Cependant elle y aura probablement été placée vers la révolution afin d'échapper à la vente aux enchères des biens de l'église. Elle fut rénovée car une partie de la tête de l’enfant jésus manquait.
Dans la salle à droite du porche, la chapelle des confessions, une vitrine expose deux chasubles du XVIIe siècle, avec quelques accessoires comme un missel de 1668, une ampoule de Saint-Chrême et d’Huile Sainte, une ampoule d’huile pour les malades, un petit ciboire ou encore un rituel du diocèse de Chartres de 1689.Ces effets d’une valeur exceptionnelle seraient dignes de figurer au trésor d’une cathédrale. On en ignore les donateurs. On peut aussi y avoir un confessionnal de facture Louis XV.

Dans la rue Saint-André, qui mène au parvis de l'église, on peut voir une vieille tour bardée de bois.
Un inventaire de 1790 fait état d'une importante bibliothèque appartenant à la cure d'Authon. Composée de 632 volumes, elle comprenait des ouvrages ecclésiastiques et d'écriture saintes (175 volumes), d'autres destinés à l'enseignement (230 volumes) ainsi que des livres de Jurisprudence, de physique, de littérature, d'économie et d'histoire. Ils était probablement destiné à l'enseignement eux aussi. Le 4 germinal An II (23 mars 1793) il fut décidé par le conseil général d'Authon de vider l'église de ses statues et ornements. Elles devaient être vendues afin de financer une colonne de la Liberté.Le 16 fructidor an VII (2 septembre 1799) la bibliothèque de la cure fut vendue aux enchères elle aussi, des ouvrages de Racine ou de Virgile était bradés à quelques centimes. De nombreux ouvrages de Saint-Augustin composaient aussi la bibliothèque. On y trouvait aussi une somme de Saint-Thomas-d'Aquin, des volumes d'Horace, de Cicéron et d'Estève, La Genèse, et autres ouvrages. Non content d'avoir dilapidé ce trésor, Louis Augustin Bergeron, receveur au bureau de l'enregistrement et du domaine national d'Authon, vendit le contenu de la fabrique.Le 26 fructidor de la même année, l'église subissait le même triste sort. Les autels furent vendus. Les deux confessionnaux aussi. Le banc d'œuvre et la chaire furent adjugés 4 francs. Les quarante bancs partirent pour dix francs. Les bancs du Chœur valaient eux vingt-et-un franc, tous les neufs. Enfin, le maître autel fut soldé avec les statues et les croix pour un total de trois francs. C'est probablement à cette occasion que fut mise en sécurité la vierge à l'enfant retrouvée en 1974. Grâce à l'intervention de la municipalité, on décida de ne pas vendre les pavés et l'horloge.